RDKit
Open-source cheminformatics and machine learning.
Main Page
Namespaces
Classes
Files
Class List
Class Hierarchy
Class Members
All
Functions
Variables
Typedefs
Enumerations
Enumerator
Related Functions
_
a
b
c
d
e
f
g
h
i
k
l
m
n
o
p
q
r
s
t
u
v
w
x
~
- g -
GasteigerParams() :
RDKit::GasteigerParams
gather() :
ForceFields::ForceField
generateNext() :
RDKit::FMCS::Composition2N
get() :
RDKit::MolAlign::MolHistogram
getAbundanceForIsotope() :
RDKit::PeriodicTable
getActiveAtom() :
RDKit::RWMol
getActiveConformer() :
RDKit::MolChemicalFeature
getAgents() :
RDKit::ChemicalReaction
getAllAtomsWithBookmark() :
RDKit::ROMol
getAllBondsWithBookmark() :
RDKit::ROMol
getAltLoc() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
getAtIdx() :
RDKit::RecursiveStructureQuery
getAtomBonds() :
RDKit::ROMol
getAtomBookmarks() :
RDKit::ROMol
getAtomCoords() :
RDKit::MolDraw2D
getAtomDegree() :
RDKit::ROMol
getAtomicNum() :
RDKit::Atom
getAtomicNumber() :
RDKit::PeriodicTable
getAtomicWeight() :
RDKit::PeriodicTable
getAtomNeighbors() :
RDKit::ROMol
getAtomPos() :
RDKit::Conformer
getAtoms() :
RDKit::MolChemicalFeature
getAtomWithBookmark() :
RDKit::ROMol
getAtomWithIdx() :
RDKit::ROMol
getBeginAtom() :
RDKit::Bond
getBeginAtomIdx() :
RDKit::Bond
getBit() :
BitVect
,
ExplicitBitVect
,
SparseBitVect
getBitId() :
RDCatalog::CatalogEntry
getBitSet() :
RDKit::FMCS::Composition2N
,
SparseBitVect
getBondBetweenAtoms() :
RDKit::ROMol
getBondBookmarks() :
RDKit::ROMol
getBondDir() :
RDKit::Bond
getBondType() :
RDKit::Bond
getBondTypeAsDouble() :
RDKit::Bond
getBondWithBookmark() :
RDKit::ROMol
getBondWithIdx() :
RDKit::ROMol
getBoxNx() :
RDDepict::EmbeddedFrag
getBoxNy() :
RDDepict::EmbeddedFrag
getBoxPx() :
RDDepict::EmbeddedFrag
getBoxPy() :
RDDepict::EmbeddedFrag
getCatalogParams() :
RDCatalog::Catalog< entryType, paramType >
getChainId() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
getChiralTag() :
RDKit::Atom
getCol() :
RDNumeric::Matrix< TYPE >
,
RDNumeric::SymmMatrix< TYPE >
getConformer() :
RDKit::ROMol
getCorrBitList() :
RDInfoTheory::BitCorrMatGenerator
getCorrMat() :
RDInfoTheory::BitCorrMatGenerator
getCost() :
RDKit::MolAlign::LAP
getData() :
RDKit::DiscreteValueVect
,
RDNumeric::Matrix< TYPE >
,
RDNumeric::SymmMatrix< TYPE >
,
RDNumeric::Vector< TYPE >
getDataSize() :
RDNumeric::Matrix< TYPE >
,
RDNumeric::SymmMatrix< TYPE >
getDefaultValence() :
RDKit::PeriodicTable
getDegree() :
RDKit::Atom
getDescription() :
Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
,
RDCatalog::CatalogEntry
,
RDKit::FragCatalogEntry
,
RDKit::MolCatalogEntry
getDirs() :
RDFeatures::ExplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
,
RDFeatures::ImplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
getDiscrims() :
RDKit::FragCatalogEntry
getDist() :
RDKit::DiscreteDistMat
getDownEntryList() :
RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >
getDrawCoords() :
RDKit::MolDraw2D
getDrawingText() :
RDKit::MolDraw2DCairo
,
RDKit::MolDraw2DSVG
getEdges() :
RDKit::ROMol
getElementSymbol() :
RDKit::PeriodicTable
GetEmbeddedAtom() :
RDDepict::EmbeddedFrag
GetEmbeddedAtoms() :
RDDepict::EmbeddedFrag
getEndAtom() :
RDKit::Bond
getEndAtomIdx() :
RDKit::Bond
getEndsOpen() :
Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
getEnergy() :
DistGeom::ChiralViolationContrib
,
DistGeom::DistViolationContrib
,
DistGeom::FourthDimContrib
,
ForceFields::ForceFieldContrib
,
ForceFields::MMFF::AngleBendContrib
,
ForceFields::MMFF::AngleConstraintContrib
,
ForceFields::MMFF::BondStretchContrib
,
ForceFields::MMFF::DistanceConstraintContrib
,
ForceFields::MMFF::EleContrib
,
ForceFields::MMFF::OopBendContrib
,
ForceFields::MMFF::PositionConstraintContrib
,
ForceFields::MMFF::StretchBendContrib
,
ForceFields::MMFF::TorsionAngleContrib
,
ForceFields::MMFF::TorsionConstraintContrib
,
ForceFields::MMFF::VdWContrib
,
ForceFields::UFF::AngleBendContrib
,
ForceFields::UFF::AngleConstraintContrib
,
ForceFields::UFF::BondStretchContrib
,
ForceFields::UFF::DistanceConstraintContrib
,
ForceFields::UFF::InversionContrib
,
ForceFields::UFF::PositionConstraintContrib
,
ForceFields::UFF::TorsionAngleContrib
,
ForceFields::UFF::TorsionConstraintContrib
,
ForceFields::UFF::vdWContrib
getEntriesOfOrder() :
RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >
getEntryWithBitId() :
RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >
getEntryWithIdx() :
RDCatalog::Catalog< entryType, paramType >
,
RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >
,
RDCatalog::LinearCatalog< entryType, orderType >
getExplicitValence() :
RDKit::Atom
getExpression() :
Invar::Invariant
getFactory() :
RDKit::MolChemicalFeature
getFamily() :
ChemicalFeatures::ChemicalFeature
,
ChemicalFeatures::FreeChemicalFeature
,
RDFeatures::ExplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
,
RDFeatures::ImplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
,
RDKit::MolChemicalFeature
,
RDKit::MolChemicalFeatureDef
getFeatDef() :
RDKit::MolChemicalFeature
getFeaturesForMol() :
RDKit::MolChemicalFeatureFactory
getFile() :
Invar::Invariant
getForceV3000() :
RDKit::SDWriter
getFormalCharge() :
RDKit::Atom
getFPForMol() :
RDKit::FragFPGenerator
getFPLength() :
RDCatalog::Catalog< entryType, paramType >
getFullDescription() :
Queries::EqualityQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
,
Queries::GreaterEqualQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
,
Queries::GreaterQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
,
Queries::LessEqualQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
,
Queries::LessQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
,
Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
,
Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
,
Queries::SetQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
getFuncGroup() :
RDKit::FragCatParams
getFuncGroupMap() :
RDKit::FragCatalogEntry
getFuncGroups() :
RDKit::FragCatParams
getGrad() :
DistGeom::ChiralViolationContrib
,
DistGeom::DistViolationContrib
,
DistGeom::FourthDimContrib
,
ForceFields::ForceFieldContrib
,
ForceFields::MMFF::AngleBendContrib
,
ForceFields::MMFF::AngleConstraintContrib
,
ForceFields::MMFF::BondStretchContrib
,
ForceFields::MMFF::DistanceConstraintContrib
,
ForceFields::MMFF::EleContrib
,
ForceFields::MMFF::OopBendContrib
,
ForceFields::MMFF::PositionConstraintContrib
,
ForceFields::MMFF::StretchBendContrib
,
ForceFields::MMFF::TorsionAngleContrib
,
ForceFields::MMFF::TorsionConstraintContrib
,
ForceFields::MMFF::VdWContrib
,
ForceFields::UFF::AngleBendContrib
,
ForceFields::UFF::AngleConstraintContrib
,
ForceFields::UFF::BondStretchContrib
,
ForceFields::UFF::DistanceConstraintContrib
,
ForceFields::UFF::InversionContrib
,
ForceFields::UFF::PositionConstraintContrib
,
ForceFields::UFF::TorsionAngleContrib
,
ForceFields::UFF::TorsionConstraintContrib
,
ForceFields::UFF::vdWContrib
getGridIndex() :
RDGeom::UniformGrid3D
getGridIndices() :
RDGeom::UniformGrid3D
getGridPointIndex() :
RDGeom::Grid3D
,
RDGeom::UniformGrid3D
getGridPointLoc() :
RDGeom::Grid3D
,
RDGeom::UniformGrid3D
getHybridization() :
RDKit::Atom
getId() :
ChemicalFeatures::ChemicalFeature
,
ChemicalFeatures::FreeChemicalFeature
,
RDKit::Conformer
,
RDKit::MolChemicalFeature
getIdOfEntryWithBitId() :
RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >
getIdx() :
RDKit::Atom
,
RDKit::Bond
getImplicitPropertiesFlag() :
RDKit::ChemicalReaction
getImplicitValence() :
RDKit::Atom
getInsertionCode() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
getIsAromatic() :
RDKit::Atom
,
RDKit::Bond
getIsConjugated() :
RDKit::Bond
getIsHeteroAtom() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
getIsotope() :
RDKit::Atom
getItemText() :
RDKit::SDMolSupplier
,
RDKit::SmilesMolSupplier
,
RDKit::TDTMolSupplier
getKekulize() :
RDKit::SDWriter
getLastAtom() :
RDKit::RWMol
getLength() :
RDKit::DiscreteValueVect
,
RDKit::SparseIntVect< IndexType >
getLine() :
Invar::Invariant
getLoc() :
RDFeatures::ExplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
,
RDFeatures::ImplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
getLower() :
Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
getLowerBound() :
DistGeom::BoundsMatrix
getLowerFragLength() :
RDKit::FragCatParams
getLowerVolumeBound() :
DistGeom::ChiralSet
getMass() :
RDKit::Atom
getMassForIsotope() :
RDKit::PeriodicTable
getMaxNumberAtoms() :
RDKit::FMCS::MaximumCommonSubgraph
getMaxNumberBonds() :
RDKit::FMCS::MaximumCommonSubgraph
getMessage() :
Invar::Invariant
getMMFFAngle() :
ForceFields::MMFF::MMFFAngleCollection
getMMFFAngleBendParams() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFAngleTerm() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFAngleType() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFArom() :
ForceFields::MMFF::MMFFAromCollection
getMMFFAtomType() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFBndk() :
ForceFields::MMFF::MMFFBndkCollection
getMMFFBond() :
ForceFields::MMFF::MMFFBondCollection
getMMFFBondStretchEmpiricalRuleParams() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFBondStretchParams() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFBondTerm() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFBondType() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFChg() :
ForceFields::MMFF::MMFFChgCollection
getMMFFChgParams() :
ForceFields::MMFF::MMFFChgCollection
getMMFFCovRadPauEle() :
ForceFields::MMFF::MMFFCovRadPauEleCollection
getMMFFDef() :
ForceFields::MMFF::MMFFDefCollection
getMMFFDfsb() :
ForceFields::MMFF::MMFFDfsbCollection
getMMFFDfsbParams() :
ForceFields::MMFF::MMFFDfsbCollection
getMMFFDielectricConstant() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFDielectricModel() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFEleTerm() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFFormalCharge() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFHerschbachLaurie() :
ForceFields::MMFF::MMFFHerschbachLaurieCollection
getMMFFOop() :
ForceFields::MMFF::MMFFOopCollection
getMMFFOopBendParams() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFOopTerm() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFOStream() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFPartialCharge() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFPBCI() :
ForceFields::MMFF::MMFFPBCICollection
getMMFFProp() :
ForceFields::MMFF::MMFFPropCollection
getMMFFStbn() :
ForceFields::MMFF::MMFFStbnCollection
getMMFFStbnParams() :
ForceFields::MMFF::MMFFStbnCollection
getMMFFStretchBendParams() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFStretchBendTerm() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFTor() :
ForceFields::MMFF::MMFFTorCollection
getMMFFTorParams() :
ForceFields::MMFF::MMFFTorCollection
getMMFFTorsionEmpiricalRuleParams() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFTorsionParams() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFTorsionTerm() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFTorsionType() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFVariant() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFVdW() :
ForceFields::MMFF::MMFFVdWCollection
getMMFFVdWParams() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFVdWTerm() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMMFFVerbosity() :
RDKit::MMFF::MMFFMolProperties
getMol() :
RDDepict::EmbeddedFrag
,
RDKit::MolCatalogEntry
,
RDKit::MolChemicalFeature
getMonomerInfo() :
RDKit::Atom
getMonomerType() :
RDKit::AtomMonomerInfo
getMostCommonIsotope() :
RDKit::PeriodicTable
getMostCommonIsotopeMass() :
RDKit::PeriodicTable
getName() :
RDKit::AtomMonomerInfo
getNegation() :
Queries::Query< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
getNoImplicit() :
RDKit::Atom
getNonzeroElements() :
RDKit::SparseIntVect< IndexType >
getNouterElecs() :
RDKit::PeriodicTable
getNumAgentTemplates() :
RDKit::ChemicalReaction
getNumAtoms() :
RDKit::Conformer
,
RDKit::FMCS::DuplicatedSeedCache::TKey
,
RDKit::FMCS::Seed
,
RDKit::MolChemicalFeature
,
RDKit::ROMol
getNumBits() :
BitVect
,
ExplicitBitVect
,
SparseBitVect
getNumBitsPerVal() :
RDKit::DiscreteValueVect
getNumBonds() :
RDKit::FMCS::DuplicatedSeedCache::TKey
,
RDKit::FMCS::Seed
,
RDKit::ROMol
getNumClasses() :
RDInfoTheory::InfoBitRanker
getNumConformers() :
RDKit::ROMol
getNumDigits() :
RDKit::TDTWriter
getNumEntries() :
RDCatalog::Catalog< entryType, paramType >
,
RDCatalog::HierarchCatalog< entryType, paramType, orderType >
getNumExamples() :
RDInfoTheory::BitCorrMatGenerator
getNumExplicitHs() :
RDKit::Atom
getNumFeatureDefs() :
RDKit::MolChemicalFeatureFactory
getNumFuncGroups() :
RDKit::FragCatParams
getNumHeavyAtoms() :
RDKit::ROMol
getNumImplicitHs() :
RDKit::Atom
getNumInstances() :
RDInfoTheory::InfoBitRanker
getNumInts() :
RDKit::DiscreteValueVect
getNumOffBits() :
BitVect
,
ExplicitBitVect
,
SparseBitVect
getNumOnBits() :
BitVect
,
ExplicitBitVect
,
SparseBitVect
getNumProductTemplates() :
RDKit::ChemicalReaction
getNumRadicalElectrons() :
RDKit::Atom
getNumReactantTemplates() :
RDKit::ChemicalReaction
getNumWeights() :
RDKit::MolChemicalFeatureDef
getNumX() :
RDGeom::UniformGrid3D
getNumY() :
RDGeom::UniformGrid3D
getNumZ() :
RDGeom::UniformGrid3D
getOccupancy() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
getOccupancyVect() :
RDGeom::Grid3D
,
RDGeom::UniformGrid3D
getOffset() :
RDGeom::UniformGrid3D
getOnBits() :
BitVect
,
ExplicitBitVect
,
SparseBitVect
getOrder() :
RDKit::FragCatalogEntry
,
RDKit::MolCatalogEntry
getOtherAtom() :
RDKit::Bond
getOtherAtomIdx() :
RDKit::Bond
getOwningMol() :
RDKit::Atom
,
RDKit::Bond
,
RDKit::Conformer
getParams() :
ForceFields::UFF::ParamCollection
,
RDKit::Descriptors::CrippenParamCollection
,
RDKit::GasteigerParams
getPattern() :
RDKit::MolChemicalFeatureDef
getPerpendicular() :
RDGeom::Point3D
getPerturbationOrder() :
RDKit::Atom
getPos() :
ChemicalFeatures::ChemicalFeature
,
ChemicalFeatures::FreeChemicalFeature
,
RDKit::MolChemicalFeature
getPositions() :
RDKit::Conformer
getPrbIdx() :
RDKit::MolAlign::O3AConstraint
getProducts() :
RDKit::ChemicalReaction
getProp() :
RDKit::Atom
,
RDKit::Bond
,
RDKit::FragCatalogEntry
,
RDKit::MolCatalogEntry
,
RDKit::ROMol
getPropIfPresent() :
RDKit::Atom
,
RDKit::Bond
,
RDKit::ROMol
getPropList() :
RDKit::Atom
,
RDKit::Bond
,
RDKit::ROMol
getQuery() :
RDKit::Atom
,
RDKit::Bond
,
RDKit::QueryAtom
,
RDKit::QueryBond
getQueryBondRings() :
RDKit::FMCS::RingMatchTableSet
getQueryMol() :
RDKit::RecursiveStructureQuery
getQueryMolecule() :
RDKit::FMCS::MaximumCommonSubgraph
getRb0() :
RDKit::PeriodicTable
getRcovalent() :
RDKit::PeriodicTable
getReactants() :
RDKit::ChemicalReaction
getRefIdx() :
RDKit::MolAlign::O3AConstraint
getResidueName() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
getResidueNumber() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
getRingInfo() :
RDKit::ROMol
getRow() :
RDNumeric::Matrix< TYPE >
,
RDNumeric::SymmMatrix< TYPE >
getRowSol() :
RDKit::MolAlign::LAP
getRvdw() :
RDKit::PeriodicTable
getSecondaryStructure() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
getSegmentNumber() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
getSerialNumber() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
,
RDKit::RecursiveStructureQuery
getSize() :
RDGeom::Grid3D
,
RDGeom::UniformGrid3D
getSmarts() :
RDKit::FragCatalogEntry
,
RDKit::MolChemicalFeatureDef
getSpacing() :
RDGeom::UniformGrid3D
getStereo() :
RDKit::Bond
getStereoAtoms() :
RDKit::Bond
getStringSize() :
RDKit::MolDraw2D
,
RDKit::MolDraw2DCairo
,
RDKit::MolDraw2DQt
,
RDKit::MolDraw2DSVG
,
RDKit::MolDraw2Dwx
getSymbol() :
RDKit::Atom
getTable() :
RDKit::PeriodicTable
getTargetBondRings() :
RDKit::FMCS::RingMatchTableSet
getTempFactor() :
RDKit::AtomPDBResidueInfo
getTol() :
Queries::EqualityQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
,
Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
getTolerance() :
RDKit::FragCatParams
getTopN() :
RDInfoTheory::InfoBitRanker
getTopology() :
RDKit::ROMol
getTotalDegree() :
RDKit::Atom
getTotalNumHs() :
RDKit::Atom
getTotalVal() :
RDKit::DiscreteValueVect
,
RDKit::SparseIntVect< IndexType >
getTotalValence() :
RDKit::Atom
getType() :
ChemicalFeatures::ChemicalFeature
,
ChemicalFeatures::FreeChemicalFeature
,
RDFeatures::ExplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
,
RDFeatures::ImplicitFeature< FAMILYMARKER, TYPEMARKER, LOCTYPE >
,
RDKit::MolChemicalFeature
,
RDKit::MolChemicalFeatureDef
getTypeStr() :
RDCatalog::CatalogParams
getUpper() :
Queries::RangeQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
getUpperBound() :
DistGeom::BoundsMatrix
getUpperFragLength() :
RDKit::FragCatParams
getUpperVolumeBound() :
DistGeom::ChiralSet
getVal() :
Queries::EqualityQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
,
RDGeom::Grid3D
,
RDGeom::UniformGrid3D
,
RDKit::Dict
,
RDKit::DiscreteValueVect
,
RDKit::SparseIntVect< IndexType >
,
RDNumeric::Matrix< TYPE >
,
RDNumeric::SymmMatrix< TYPE >
,
RDNumeric::Vector< TYPE >
getValenceContrib() :
RDKit::Bond
getValenceList() :
RDKit::PeriodicTable
getValIfPresent() :
RDKit::Dict
getValueType() :
RDKit::DiscreteValueVect
getVertices() :
RDKit::ROMol
getWeight() :
RDKit::MolAlign::O3AConstraint
getWrite2D() :
RDKit::TDTWriter
getWriteNames() :
RDKit::TDTWriter
getXSize() :
RDKit::FMCS::TArray2D< T >
getYSize() :
RDKit::FMCS::TArray2D< T >
greater() :
RDKit::Canon::bondholder
GreaterEqualQuery() :
Queries::GreaterEqualQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
GreaterQuery() :
Queries::GreaterQuery< MatchFuncArgType, DataFuncArgType, needsConversion >
GridException() :
RDGeom::GridException
grow() :
RDKit::FMCS::Seed
Generated on Sat Apr 23 2016 18:49:15 for RDKit by
1.8.11