Class MolfileParser


  • public class MolfileParser
    extends java.lang.Object
    • Field Detail

      • debug

        public static boolean debug
    • Constructor Detail

      • MolfileParser

        public MolfileParser()
        Constructor of a MolFileParser, which will mirror Y,Z coordinates
      • MolfileParser

        public MolfileParser​(int mode)
    • Method Detail

      • getHandleHydrogenMap

        public int[] getHandleHydrogenMap()
        If this MoflileParser was instantiated with MODE_KEEP_HYDROGEN_MAP
        Returns:
      • parse

        public boolean parse​(StereoMolecule mol,
                             java.io.File file)
      • parse

        public boolean parse​(StereoMolecule mol,
                             java.lang.String molFile)
      • parse

        public boolean parse​(StereoMolecule mol,
                             java.lang.StringBuffer molFile)
      • parse

        public boolean parse​(StereoMolecule m,
                             java.io.BufferedReader rd)
      • getCompactMolecule

        public StereoMolecule getCompactMolecule​(java.lang.String molFile)
      • getCompactMolecule

        public StereoMolecule getCompactMolecule​(java.io.BufferedReader reader)
      • getCompactMolecule

        public StereoMolecule getCompactMolecule​(java.io.File file)