Class SpaceGroup


  • class SpaceGroup
    extends java.lang.Object
    • Field Detail

      • index

        int index
      • isSSG

        boolean isSSG
      • name

        java.lang.String name
      • hallSymbol

        java.lang.String hallSymbol
      • crystalClass

        java.lang.String crystalClass
      • hmSymbol

        java.lang.String hmSymbol
      • hmSymbolFull

        java.lang.String hmSymbolFull
      • hmSymbolExt

        java.lang.String hmSymbolExt
      • hmSymbolAbbr

        java.lang.String hmSymbolAbbr
      • hmSymbolAlternative

        java.lang.String hmSymbolAlternative
      • hmSymbolAbbrShort

        java.lang.String hmSymbolAbbrShort
      • ambiguityType

        char ambiguityType
      • uniqueAxis

        char uniqueAxis
      • axisChoice

        char axisChoice
      • intlTableNumber

        java.lang.String intlTableNumber
      • intlTableNumberFull

        java.lang.String intlTableNumberFull
      • intlTableNumberExt

        java.lang.String intlTableNumberExt
      • latticeParameter

        int latticeParameter
      • operationCount

        int operationCount
      • latticeOp

        int latticeOp
      • xyzList

        java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Integer> xyzList
      • modDim

        private int modDim
      • doNormalize

        boolean doNormalize
      • isBio

        boolean isBio
      • isBilbao

        boolean isBilbao
      • latticeType

        char latticeType
      • nHallOperators

        private java.lang.Integer nHallOperators
      • canonicalSeitzList

        private static java.lang.String[] canonicalSeitzList
      • sgIndex

        private static int sgIndex
      • ambiguousNames

        private static java.lang.String ambiguousNames
      • lastInfo

        private static java.lang.String lastInfo
      • htByOpCount

        private static java.util.Map<java.lang.Integer,​javajs.util.Lst<SpaceGroup>> htByOpCount
      • nameToGroup

        static java.util.Map<java.lang.String,​SpaceGroup> nameToGroup
      • STR_SG

        private static java.lang.String[] STR_SG
        intlNo:options;nOps;schoenflies;hermannMauguin;Hall;BilbaoFlag 530 settings, some with multiple names
      • info

        java.lang.Object info
    • Constructor Detail

      • SpaceGroup

        private SpaceGroup​(int index,
                           java.lang.String cifLine,
                           boolean doInit)
    • Method Detail

      • getNull

        static SpaceGroup getNull​(boolean doInit,
                                  boolean doNormalize,
                                  boolean doFinalize)
      • init

        private void init​(boolean addXYZ)
      • createSpaceGroup

        static SpaceGroup createSpaceGroup​(int desiredSpaceGroupIndex,
                                           java.lang.String name,
                                           java.lang.Object data,
                                           int modDim)
      • createSGFromList

        private static SpaceGroup createSGFromList​(java.lang.String name,
                                                   javajs.util.Lst<?> data)
        Parameters:
        name -
        data - Lst or Lst
        Returns:
        a new SpaceGroup if successful or null
      • addSymmetry

        int addSymmetry​(java.lang.String xyz,
                        int opId,
                        boolean allowScaling)
      • setFinalOperations

        void setFinalOperations()
      • setFinalOperationsForAtoms

        void setFinalOperationsForAtoms​(int dim,
                                        javajs.util.P3[] atoms,
                                        int atomIndex,
                                        int count,
                                        boolean doNormalize)
      • getOperationCount

        int getOperationCount()
      • getOperation

        javajs.util.M4 getOperation​(int i)
      • getXyz

        java.lang.String getXyz​(int i,
                                boolean doNormalize)
      • getInfo

        static java.lang.Object getInfo​(SpaceGroup sg,
                                        java.lang.String spaceGroup,
                                        SymmetryInterface cellInfo,
                                        boolean asMap,
                                        boolean andNonstandard)
      • dumpInfo

        java.lang.String dumpInfo()
        Returns:
        detailed information
      • dumpInfoObj

        java.lang.Object dumpInfoObj()
        Returns:
        detailed information
      • getName

        java.lang.String getName()
      • getLatticeDesignation

        java.lang.String getLatticeDesignation()
      • setLatticeParam

        void setLatticeParam​(int latticeParameter)
      • dumpCanonicalSeitzList

        private java.lang.Object dumpCanonicalSeitzList()
        Returns:
        either a String or a SpaceGroup, depending on index.
      • getDerivedSpaceGroup

        SpaceGroup getDerivedSpaceGroup()
        Returns:
        a known space group or null
      • getCanonicalSeitzList

        private java.lang.String getCanonicalSeitzList()
      • findSpaceGroup

        private static SpaceGroup findSpaceGroup​(int opCount,
                                                 java.lang.String s)
      • dumpAll

        private static final java.lang.Object dumpAll​(boolean asMap)
      • dumpAllSeitz

        private static final java.lang.String dumpAllSeitz()
      • getCanonicalSeitz

        private static java.lang.String getCanonicalSeitz​(int i)
      • setLattice

        private void setLattice​(char latticeCode,
                                boolean isCentrosymmetric)
      • createSpaceGroupN

        private static final SpaceGroup createSpaceGroupN​(java.lang.String name)
      • addOperation

        private int addOperation​(java.lang.String xyz0,
                                 int opId,
                                 boolean allowScaling)
      • checkXYZlist

        private int checkXYZlist​(java.lang.String xyz)
      • addOp

        private int addOp​(SymmetryOperation op,
                          java.lang.String xyz0,
                          boolean isSpecial)
      • generateOperatorsFromXyzInfo

        private void generateOperatorsFromXyzInfo​(java.lang.String xyzInfo)
      • generateAllOperators

        private void generateAllOperators​(HallInfo h)
      • addSymmetrySM

        int addSymmetrySM​(java.lang.String xyz,
                          javajs.util.M4 operation)
      • determineSpaceGroupN

        private static final SpaceGroup determineSpaceGroupN​(java.lang.String name)
      • determineSpaceGroupNS

        private static final SpaceGroup determineSpaceGroupNS​(java.lang.String name,
                                                              SpaceGroup sg)
      • determineSpaceGroupNA

        static final SpaceGroup determineSpaceGroupNA​(java.lang.String name,
                                                      float[] unitCellParams)
      • determineSpaceGroup

        private static final SpaceGroup determineSpaceGroup​(java.lang.String name,
                                                            float a,
                                                            float b,
                                                            float c,
                                                            float alpha,
                                                            float beta,
                                                            float gamma,
                                                            int lastIndex)
      • determineSpaceGroupIndex

        private static final int determineSpaceGroupIndex​(java.lang.String name,
                                                          float a,
                                                          float b,
                                                          float c,
                                                          float alpha,
                                                          float beta,
                                                          float gamma,
                                                          int lastIndex)
      • determineUniqueAxis

        private static final char determineUniqueAxis​(float a,
                                                      float b,
                                                      float c,
                                                      float alpha,
                                                      float beta,
                                                      float gamma)
      • buildSpaceGroup

        private void buildSpaceGroup​(java.lang.String cifLine)
      • setHMSymbol

        private void setHMSymbol​(java.lang.String name)
      • toCap

        private static java.lang.String toCap​(java.lang.String s,
                                              int n)
      • toString

        public java.lang.String toString()
        Overrides:
        toString in class java.lang.Object
      • asString

        public java.lang.String asString()
      • getSpaceGroups

        private static SpaceGroup[] getSpaceGroups()
      • createSpaceGroups

        private static SpaceGroup[] createSpaceGroups()
      • addLatticeVectors

        boolean addLatticeVectors​(javajs.util.Lst<float[]> lattvecs)
        Parameters:
        lattvecs - could be magnetic centering, in which case there is an additional lattice parameter that is time reversal
        Returns:
        true if successful
      • getSiteMultiplicity

        int getSiteMultiplicity​(javajs.util.P3 pt,
                                UnitCell unitCell)
      • setName

        public void setName​(java.lang.String name)
      • getRawOperation

        public javajs.util.M4 getRawOperation​(int i)
      • getNameType

        public java.lang.String getNameType​(java.lang.String type,
                                            SymmetryInterface uc)
      • getSpaceGroupFromITAName

        public static SpaceGroup getSpaceGroupFromITAName​(java.lang.String ita)
      • getID

        public static java.lang.String getID​(int i)