Package org.jmol.api

Interface SmilesMatcherInterface

  • All Known Implementing Classes:
    SmilesMatcher

    public interface SmilesMatcherInterface
    • Method Summary

      All Methods Instance Methods Abstract Methods 
      Modifier and Type Method Description
      int areEqual​(java.lang.String smiles1, java.lang.String smiles2)  
      java.lang.String cleanSmiles​(java.lang.String smiles)  
      int[][] find​(java.lang.String pattern, java.lang.String smiles, int flags)  
      Node[] getAtoms​(java.lang.String target)  
      int[][] getCorrelationMaps​(java.lang.String pattern, Node[] atoms, int ac, javajs.util.BS bsSelected, int flags)  
      java.lang.String getLastException()  
      int[][] getMapForJME​(java.lang.String jme, Atom[] at, javajs.util.BS bsAtoms)  
      void getMMFF94AtomTypes​(java.lang.String[] smarts, Node[] atoms, int ac, javajs.util.BS bsSelected, javajs.util.Lst<javajs.util.BS> bitSets, javajs.util.Lst<javajs.util.BS>[] vRings)  
      java.lang.String getMolecularFormula​(java.lang.String pattern, boolean isSearch)  
      java.lang.String getRelationship​(java.lang.String smiles1, java.lang.String smiles2)  
      java.lang.String getSmiles​(Node[] atoms, int ac, javajs.util.BS bsSelected, java.lang.String bioComment, int flags)  
      javajs.util.BS getSubstructureSet​(java.lang.String pattern, Node[] atoms, int ac, javajs.util.BS bsSelected, int flags)  
      javajs.util.BS[] getSubstructureSetArray​(java.lang.String pattern, Node[] atoms, int ac, javajs.util.BS bsSelected, javajs.util.BS bsAromatic, int flags)  
      java.lang.String polyhedronToSmiles​(Node center, int[][] faces, int atomCount, javajs.util.P3[] points, int flags, java.lang.String details)  
      java.lang.String reverseChirality​(java.lang.String smiles)  
    • Method Detail

      • areEqual

        int areEqual​(java.lang.String smiles1,
                     java.lang.String smiles2)
              throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • find

        int[][] find​(java.lang.String pattern,
                     java.lang.String smiles,
                     int flags)
              throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • getLastException

        java.lang.String getLastException()
      • getMolecularFormula

        java.lang.String getMolecularFormula​(java.lang.String pattern,
                                             boolean isSearch)
                                      throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • getRelationship

        java.lang.String getRelationship​(java.lang.String smiles1,
                                         java.lang.String smiles2)
                                  throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • reverseChirality

        java.lang.String reverseChirality​(java.lang.String smiles)
                                   throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • polyhedronToSmiles

        java.lang.String polyhedronToSmiles​(Node center,
                                            int[][] faces,
                                            int atomCount,
                                            javajs.util.P3[] points,
                                            int flags,
                                            java.lang.String details)
                                     throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • getSubstructureSet

        javajs.util.BS getSubstructureSet​(java.lang.String pattern,
                                          Node[] atoms,
                                          int ac,
                                          javajs.util.BS bsSelected,
                                          int flags)
                                   throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • getSubstructureSetArray

        javajs.util.BS[] getSubstructureSetArray​(java.lang.String pattern,
                                                 Node[] atoms,
                                                 int ac,
                                                 javajs.util.BS bsSelected,
                                                 javajs.util.BS bsAromatic,
                                                 int flags)
                                          throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • getCorrelationMaps

        int[][] getCorrelationMaps​(java.lang.String pattern,
                                   Node[] atoms,
                                   int ac,
                                   javajs.util.BS bsSelected,
                                   int flags)
                            throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • getMMFF94AtomTypes

        void getMMFF94AtomTypes​(java.lang.String[] smarts,
                                Node[] atoms,
                                int ac,
                                javajs.util.BS bsSelected,
                                javajs.util.Lst<javajs.util.BS> bitSets,
                                javajs.util.Lst<javajs.util.BS>[] vRings)
                         throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • getSmiles

        java.lang.String getSmiles​(Node[] atoms,
                                   int ac,
                                   javajs.util.BS bsSelected,
                                   java.lang.String bioComment,
                                   int flags)
                            throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • cleanSmiles

        java.lang.String cleanSmiles​(java.lang.String smiles)
      • getMapForJME

        int[][] getMapForJME​(java.lang.String jme,
                             Atom[] at,
                             javajs.util.BS bsAtoms)
      • getAtoms

        Node[] getAtoms​(java.lang.String target)
                 throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception