Class InputReader

    • Field Detail

      • ac

        protected int ac
      • vAtoms

        protected javajs.util.Lst<Atom> vAtoms
      • atomMap

        private java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Integer> atomMap
      • tokens

        private java.lang.String[] tokens
      • isJmolZformat

        private boolean isJmolZformat
      • lineBuffer

        private javajs.util.Lst<java.lang.String[]> lineBuffer
      • symbolicMap

        private java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Float> symbolicMap
      • isMopac

        private boolean isMopac
      • isHeader

        private boolean isHeader
      • firstLine

        private boolean firstLine
      • pt0

        private final javajs.util.P3 pt0
      • v1

        private final javajs.util.V3 v1
      • v2

        private final javajs.util.V3 v2
      • plane1

        private final javajs.util.P4 plane1
      • plane2

        private final javajs.util.P4 plane2
    • Constructor Detail

      • InputReader

        public InputReader()
    • Method Detail

      • checkLine

        protected boolean checkLine()
                             throws java.lang.Exception
        Overrides:
        checkLine in class AtomSetCollectionReader
        Returns:
        true if need to read new line
        Throws:
        java.lang.Exception
      • readConFile

        private void readConFile()
                          throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • readCFI

        private void readCFI()
                      throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • readVFI

        private boolean readVFI()
                         throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • readBlock

        private boolean readBlock​(java.lang.String strEnd)
                           throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • cleanLine

        private java.lang.String cleanLine()
      • getSymbolic

        private void getSymbolic()
      • getAtom

        private Atom getAtom()
                      throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • parseAtomTokens

        private void parseAtomTokens​(Atom atom,
                                     java.lang.String element)
                              throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • getAtomGeneral

        private Atom getAtomGeneral​(Atom atom,
                                    int ia,
                                    int bondOrder)
                             throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • getSymbolic

        private float getSymbolic​(java.lang.String key)
      • getValue

        private float getValue​(int i)
                        throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • getAtomIndex

        private int getAtomIndex​(int i)
      • setAtom

        protected Atom setAtom​(Atom atom,
                               int ia,
                               int ib,
                               int ic,
                               float d,
                               float theta1,
                               float theta2)