Class TopoCifParser.TNode

    • Field Detail

      • id

        public java.lang.String id
      • atomLabel

        public java.lang.String atomLabel
      • netID

        java.lang.String netID
      • label

        java.lang.String label
      • symop

        int symop
      • trans

        javajs.util.P3 trans
      • bsAtoms

        javajs.util.BS bsAtoms
      • linkSymop

        int linkSymop
      • linkTrans

        javajs.util.P3 linkTrans
      • isFinalized

        private boolean isFinalized
      • idx

        int idx
      • atom

        private Atom atom
      • line

        private java.lang.String line
      • mf

        private java.lang.String mf
    • Constructor Detail

      • TNode

        TNode()
      • TNode

        TNode​(int idx,
              Atom atom,
              TopoCifParser.TNet net,
              int op,
              javajs.util.P3 trans)
        Constructor from TLink
        Parameters:
        idx -
        atom -
        net -
        op -
        trans -
    • Method Detail

      • getMolecularFormula

        public java.lang.String getMolecularFormula()
      • setNode

        boolean setNode​(int[] a,
                        java.lang.String line)
      • finalizeNode

        void finalizeNode​(javajs.util.M4[] ops)
                   throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • addNode

        private void addNode()
      • setCentroid

        private void setCentroid()
      • info

        public java.lang.String info()
      • toString

        public java.lang.String toString()
        Description copied from class: javajs.util.T3
        Returns a string that contains the values of this Tuple3f. The form is (x,y,z).
        Overrides:
        toString in class javajs.util.T3
        Returns:
        the String representation
      • clone

        public java.lang.Object clone()
        Overrides:
        clone in class java.lang.Object