Interface MSInterface

  • All Known Implementing Classes:
    MSCifParser, MSRdr

    public interface MSInterface
    Modulated Structure Reader Interface
    • Method Detail

      • addModulation

        void addModulation​(java.util.Map<java.lang.String,​double[]> map,
                           java.lang.String id,
                           double[] pt,
                           int iModel)
      • addSubsystem

        void addSubsystem​(java.lang.String code,
                          javajs.util.Matrix w)
      • finalizeModulation

        void finalizeModulation()
      • getMod

        double[] getMod​(java.lang.String key)
      • initialize

        int initialize​(AtomSetCollectionReader r,
                       int modDim)
                throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • setModulation

        void setModulation​(boolean isPost,
                           SymmetryInterface symmetry)
                    throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • setMinMax0

        void setMinMax0​(javajs.util.P3 minXYZ0,
                        javajs.util.P3 maxXYZ0)
      • getSymmetryFromCode

        SymmetryInterface getSymmetryFromCode​(java.lang.String spaceGroupOperationCode)
      • addLatticeVector

        boolean addLatticeVector​(javajs.util.Lst<float[]> lattvecs,
                                 java.lang.String substring)
                          throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • getModulationMap

        java.util.Map<java.lang.String,​double[]> getModulationMap()
      • getModType

        char getModType​(java.lang.String key)
      • getQCoefs

        double[] getQCoefs​(java.lang.String key)