Class PointGroup


  • class PointGroup
    extends java.lang.Object
    • Field Detail

      • axesMaxN

        private static final int[] axesMaxN
      • nUnique

        private static final int[] nUnique
      • maxAxis

        private static final int maxAxis
      • isAtoms

        private boolean isAtoms
      • drawInfo

        java.lang.String drawInfo
      • info

        java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> info
      • textInfo

        java.lang.String textInfo
      • drawType

        private java.lang.String drawType
      • drawIndex

        private int drawIndex
      • scale

        private float scale
      • nAxes

        private int[] nAxes
      • nAtoms

        private int nAtoms
      • radius

        private float radius
      • distanceTolerance

        private float distanceTolerance
      • distanceTolerance2

        private float distanceTolerance2
      • linearTolerance

        private float linearTolerance
      • cosTolerance

        private float cosTolerance
      • name

        private java.lang.String name
      • vTemp

        private final javajs.util.V3 vTemp
      • centerAtomIndex

        private int centerAtomIndex
      • haveInversionCenter

        private boolean haveInversionCenter
      • center

        private javajs.util.T3 center
      • points

        private javajs.util.T3[] points
      • elements

        private int[] elements
      • atomMap

        private int[] atomMap
      • bsAtoms

        private javajs.util.BS bsAtoms
      • haveVibration

        private boolean haveVibration
      • localEnvOnly

        private boolean localEnvOnly
      • maxElement

        int maxElement
      • eCounts

        int[] eCounts
      • OPERATION_INVERSION_CENTER

        static final int OPERATION_INVERSION_CENTER
        See Also:
        Constant Field Values
      • typeNames

        static final java.lang.String[] typeNames
      • nOps

        int nOps
    • Constructor Detail

      • PointGroup

        private PointGroup()
    • Method Detail

      • getName

        java.lang.String getName()
      • getPointGroup

        static PointGroup getPointGroup​(PointGroup pgLast,
                                        javajs.util.T3 center,
                                        javajs.util.T3[] atomset,
                                        javajs.util.BS bsAtoms,
                                        boolean haveVibration,
                                        float distanceTolerance,
                                        float linearTolerance,
                                        boolean localEnvOnly)
        Parameters:
        pgLast -
        center -
        atomset - a list of Atom or other Point3fi that implements Node
        bsAtoms -
        haveVibration - if true, then all items in atomset must be Atom class
        distanceTolerance -
        linearTolerance -
        localEnvOnly -
        Returns:
        a PointGroup object, possibly the last calculated for efficiency
      • isEqual

        private boolean isEqual​(PointGroup pg)
      • set

        private boolean set​(PointGroup pgLast,
                            javajs.util.T3[] atomset)
      • getPointsAndElements

        private boolean getPointsAndElements​(javajs.util.T3[] atomset)
      • findInversionCenter

        private void findInversionCenter()
      • checkOperation

        private boolean checkOperation​(javajs.util.Quat q,
                                       javajs.util.T3 center,
                                       int iOrder)
      • getPointIndex

        private int getPointIndex​(int j)
      • isLinear

        private boolean isLinear​(javajs.util.T3[] atoms)
      • isParallel

        private boolean isParallel​(javajs.util.V3 v1,
                                   javajs.util.V3 v2)
      • isPerpendicular

        private boolean isPerpendicular​(javajs.util.V3 v1,
                                        javajs.util.V3 v2)
      • getElementCounts

        private void getElementCounts()
      • findCAxes

        private int findCAxes()
      • getAllAxes

        private void getAllAxes​(javajs.util.V3 v3)
      • getHighestOrder

        private int getHighestOrder()
      • checkAxisOrder

        private boolean checkAxisOrder​(int iOrder,
                                       javajs.util.V3 v,
                                       javajs.util.T3 center)
      • addAxis

        private void addAxis​(int iOrder,
                             javajs.util.V3 v)
      • haveAxis

        private boolean haveAxis​(int iOrder,
                                 javajs.util.V3 v)
      • findPlanes

        private int findPlanes()
      • getPlane

        private int getPlane​(javajs.util.V3 v3)
      • findAdditionalAxes

        private void findAdditionalAxes​(int nPlanes)
      • getInfo

        java.lang.Object getInfo​(int modelIndex,
                                 java.lang.String drawID,
                                 boolean asInfo,
                                 java.lang.String type,
                                 int index,
                                 float scaleFactor)
      • isDrawType

        boolean isDrawType​(java.lang.String type,
                           int index,
                           float scale)